Organizacijski Pomorski fakultet Sveučilišta u Rijeci ustrojen je kao znanstveno nastavna sastavnica Sveučilišta u Rijeci, registrirana na Trgovačkom sudu u Rijeci. Na osnovu obveza utvrđenih važećim zakonima koji reguliraju znanstvenu djelatnost i visoko obrazovanje jedan od najvažnijih ciljeva i zadataka Pomorskog fakulteta u Rijeci je ustrojavanje studija i donošenje odgovarajućih studijskih programa (preddiplomsko, diplomsko i poslijediplomsko obrazovanje), kao i izvođenje znanstveno-istraživačke djelatnosti u multidisciplinarnoj domeni pomorstva. Važna i značajna djelatnost koju Fakultet kontinuirano razvija i usavršava jesu programi izobrazbe odnosno programi stalnog stručnog usavršavanja pomoraca radi stjecanja odgovarajućih svjedodžbi o osposobljenosti u skladu s međunarodnim konvencijama, kao i programi cjeloživotnog obrazovanja. Sve aktivnosti i djelovanja Fakulteta realiziraju se u skladu s načelima održivog razvoja gospodarstva i društvene zajednice u kojoj Fakultet djeluje.
Pomorski fakultet Sveučilišta u Rijeci izvorno potiče znanstveni i istraživački rad usmjeren k primjeni suvremenih znanstvenih dostignuća u pomorstvu u okviru potreba pomorskog gospodarstva radi ostvarivanja veće gospodarske uspješnosti, te u okviru djelatnosti svih drugih društvenih čimbenika prvenstveno s namjerom očuvanja prirodnih i drugih bogatstava mora i priobalja, kao i u cilju stvaranja novih teorijskih i praktičnih znanstvenih spoznaja u kompleksnoj sferi pomorstva.
Pomorski fakultet kontinuirano razvija suradnju s gospodarstvom i aktivno sudjelovanje u razvoju pomorskog gospodarstva izradom razvojnih projekata.
Pomorski fakultet u Rijeci aktivno sudjeluje u zaštiti objekata, predmeta, publikacija i dokumenata iz duge i značajne hrvatske pomorske prošlosti, na očuvanju bogate hrvatske pomorske baštine i povijesti, te sudjeluje i daje podršku u inicijativama zaštite, očuvanje i revitalizacije pomorske i brodograđevne baštine.
Također Pomorski fakultet sudjeluje i u kreiranju pomorskog zakonodavstva Republike Hrvatske u skladu s kretanjima u EU odnosno u svijetu.
Pomorski fakultet u Rijeci razvija sustav upravljanja kvalitetom koji je usklađen sa zahtjevima norme ISO 9001, a koji je prihvaćen s ciljem unapređenja nastavne i znanstvene djelatnosti Fakulteta, kao i s ciljem razvijanja usporedivih kriterija i metodologija na osnovu kojih se može ocjenjivati izvrsnost Fakulteta i provoditi usporedbe s drugim sličnim visokoškolskim institucijama u zemlji i inozemstvu.
U okviru svog javnog djelovanja Pomorski fakultet u Rijeci donosi strateške, taktičke i operativne odluke o akademskim pitanjima u domeni pomorstva odnosno pomorske znanosti, o izvođenju fundamentalnih i primijenjenih istraživanja u pomorstvu, financijskom poslovanju i pravnom prometu, kratkoročnim i dugoročnim investicijama i razvojnim planovima te u nastupu prema vanjskim suradnim ustanovama i partnerima u znanstvenim, znanstveno-istraživačkim djelatnostima i visokom obrazovanju. Fakultet osigurava mobilnost studenata, nastavnika, racionalno i svrsishodno korištenje ljudskih i materijalnih resursa, konstantan nadzor i rast kvalitete svih aktivnosti koje se provode na Fakultetu, kao i konkurentnost i međunarodnu kompetitivnost nastavnog, znanstvenog i znanstveno-istraživačkog rada.
